Finalizada la contienda y como consecuencia de la coyuntura política del momento, la Coral no pudo continuar trabajando en lo que se dio en llamar el "Teatro Lírico Vasco", si bien no abandona su actividad en la representación de Zarzuelas.

En la década de los 40, con Arámbarri como nuevo director y a la sazón director de la Orquesta Sinfónica de Bilbao, la Coral se dedicará con gran entusiasmo a la música sinfónico-coral, estrenando en España obras de grandes compositores del panorama internacional.

Los grandes estrenos se alternarán con los ciclos de Música Sacra que organizados por la propia Sociedad Coral fueron el "eje" de la Semana Santa Bilbaína durante este periodo.

Los estrenos tuvieron una continuidad hasta principios de los años sesenta con Rafael Frühbeck de Burgos como director del coro. El mayor apogeo se alcanzó con la presentación en España de la obra de Carl Orff "Carmina Burana", que con permiso expreso del propio compositor se estrenó en Bilbao con gran resonancia.

Tras la marcha de Frühbeck a Madrid, para asumir la dirección de la Orquesta Nacional de España, la Coral se oscureció. Una tímida actividad y de escasa repercusión artística, salvo algún acontecimiento puntual, fue la característica general de esta época